RDKit | 基于RDKit输出分子结构图(Image)的方法

RDKit内置功能绘制分子结构的函数,可根据rdkit.Chem.Draw包创建分子图像

方法一:基于SMILES输出分子2D图(2D image)

导入库

from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import Draw
from rdkit.Chem import rdDepictor

载入smiles数据

mol = Chem.MolFromSmiles('CCC(CC)O[C@@H]1C=C(C[C@@H]([C@H]1NC(=O)C)[NH3+])C(=O)OCC')

计算2D坐标

rdDepictor.Compute2DCoords(mol)

输出分子图

Draw.MolToFile

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