当用多种化合物构建文库时，
- 用多种化合物构建，以覆盖尽可能多的生理活性
- 在已发现的生物活性化合物附近使用化合物构建
有一种思方式根据化合物之间的距离和相似性来选择具有各种骨架的化合物 。
另一种方法是在配体的基础上插入“基本活性”的亚结构。此时，考虑到合成化学的观点，如果化合物可以自动片段化成可能影响其活性的部分结构，则可以进行有效的化合物设计。
化合物碎片化和从头设计
假设分子被分解为“ ABC”的部分结构。对于每个片段，可以使用不同的部分结构（例如A1，A2，A3等）来构建另一个结构相似的分子。
