RDKit | 基于相似图可视化原子贡献

        尝试使用相似度图的方法来可视化每个原子对特定描述符的贡献。 虽然使用了相似图(SimilarityMaps),但它们仅基于每个原子的贡献而可视化,与分子的相似性无关。


导入库

from rdkit import rdBase, Chem
from rdkit.Chem import AllChem, Draw, rdMolDescriptors
from rdkit.Chem.Draw import SimilarityMaps
from rdkit import DataStructs
import pubchempy as pcp
%matplotlib inline

载入数据

taxol = pcp.get_compounds('Paclitaxel', 'name')
taxol = taxol[0]

sm = taxol.canonical_smiles
taxol_mol = Chem.MolFromSmiles(sm)

相似度图和原子贡献率

该方法可以基于每个原子对分子特性的贡献权重进行可视化。 

weights = SimilarityMaps.GetAtomicWeightsForFingerprint(taxol_mol,taxol_mol, SimilarityMaps.GetMorganFingerprint)
fig = SimilarityMaps.GetSimilarityMapF

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转载自blog.csdn.net/u012325865/article/details/102505583